Génétique

La notion de capture-marquage-recapture.

En France, la quantification des populations de loups soumises aux données CR se fait en finalité par l’utilisation de modèles mathématiques à multiples niveaux. Pondéré par un coefficient en rapport avec une probabilité de « recapture » sur chaque individu déterminé comme étant présent, en un ou des lieux et à une ou des dates connus.

Cette démarche a pour but final de déterminer une fourchette plausible de nombres de canidés présents à un moment T. Ainsi que la variation de l’effectif global, d’une année sur l’autre. Ce type de modèle fut en premier lieu utilisés sur les oiseaux. Il serait depuis adapté sur des espèces difficilement observables et farouches, ou dont le nombre n’est pas comptabilisable dans sa totalité.

Les paramètres démographiques ainsi observés permettent en théorie de cibler une dynamique de population, avec une fiabilité acceptable. Par contre, les pratiques du type CR sont fondées sur l’hypothèse de l’indépendance entre les individus. Elles ignorent, les interactions naturelles entre les unités particulières. Une meute de loup, par exemple, un groupe associés ou dissociés provisoirement, un couple de sexe opposé ou non, nous avons donc inventé le CMR, plus apte à gérer la variabilité. Le CR, pour être fiable devant tenir compte de critères tels que le phénotype ( Ensemble des caractères observables d’un individu, Le phénotype correspond à l’expression des gènes….entre autre), mais aussi de critères de dispersion et de qualité intrinsèque du milieu étudié.

Les procédés :

Le procédé dit CMR prend-t-il en compte toutes ces données avec le maximum de fiabilité ? Pas si sûr !

En premier lieu, moins le nombre d’échantillons (fèces, urine et autre poils ou salive) est élevé, plus la fiabilité est faible, ce qui explique que 500 prélèvements au moins sont effectués, concernant le canidé (95% à 98% de crotte sur le total, selon les années). Certes, le chiffre peut paraître important, cependant, le cheminement entre le bénévole ou le professionnel qui prélève l’information dans le milieu naturel et le biostatisticien qui va générer le chiffre final élimine un grand nombre des

« spécimens » collectés. ( physiquement ou par obligation de délai, finances obligent)

Ces informations sont donc mise en corrélation avec les relevés de piste effectués par le réseau loup en question. Afin de mieux comprendre la dispersion et la présence nominale du ou des canidés sur un secteur convenu (tout est codifié.) Les conditions météorologiques ont donc une grande importance dans la recherche des indices. ( piste, voie, fèces, etc)

Il est bien évident que d’une année sur l’autre, les conditions, n’étant pas les mêmes cela constitue un biais, néanmoins le CMR, dans ses logarithmes améliorés prétend compenser cette première difficulté.

Certains indices ne sont jamais rattachés à un canidé caractérisé, faute de pouvoir être désignés par les intervenants du processus, la problématique de la dispersion semble donc assez aléatoire, encore une fois. Il est intéressant de relever une piste, mais difficile d’attribuer, parfois, cette piste à un individu connu. Ces indices sont donc écartés.

Les suivis hivernaux ne reflètent donc jamais la réalité, voire, en période de faible enneigement, ou le contraire ( chutes de neige fréquentes en cour de nuit) sont parfois en dehors des réalités naturelles. Le biais serait également corrigé par le statisticien.

La méthode « Capture-marquage-recapture » implique donc de déterminer un nombre d’individus existant probablement (contenant un nombre, x, qui n’a pas été repéré), duquel est retiré un nombre de canidés réellement détectés, en lui appliquant une correction basée sur une probabilité de « recapturer» un individu « loup » déjà enregistré.

Récolte des indices et procédures :

A priori, le CMR n’est pas obligatoirement la meilleure technique pour évaluer un effectif de population mais bien, la moins défavorable à l’analyse. Le fait de déterminer un génotype (Ensemble des caractères génétiques d’un être vivant, qu’ils se traduisent ou non dans son phénotype (ensemble des caractères physiques et biologiques d’un individu, selon le Larousse), ne veut pas dire qu’il est possible de dire « il y a autant d’individus »

Les rebuts constatés par le généticien sont donc autant d’éléments qui réduisent la portée du champs d’investigation couvert sur le terrain. ( 500 prélèvements annuels)

Mais les procédures de mise en conservation seraient bien maîtrisées par les intervenants sur réseau loup. Faut-il en douter ?

La discrimination des échantillons se fait à partir de l’analyse de l’Adn mitochondrial ( Utiliser l’ADN mitochondrial pour l’analyse permet de suivre des populations en comparant le degré de similarité de leur ADN mitochondrial), les échantillons dont il n’est pas possible « d’amplifier » la séquence, sont donc mis au rebut et perdu, également.

Les données recueillies par les membres du réseau démontrent les faits suivants :

34 % des indices matériels sont collectés par les agents de l’Oncfs,

5 % par les agents de l’Onf,

30 % par les agents des Parcs Nationaux,

16 % par les agents des Parcs Naturels Régionaux,

13 % par les membres d’associations ( particuliers, chasseurs, etc)

2 % par les adhérents des associations de protection de la nature,

Il est possible, ici, de relever la totale maîtrise, de l’État, sur la collecte des informations. Faut-il envisager un manque de transparence ? De fait, certaines années, les formations dispensées le sont majoritairement à des fonctionnaires de l’État ou à des chasseurs. ( 2005 par exemple)

C’est le Cnera (Centre national de recherches et d’études appliquées sur les Prédateurs animaux déprédateurs, organe de l’Oncfs, donc non indépendant) situé sur deux sites différents ( Grenoble et Gap) qui est chargé d’organiser la production de résultats probants et de diffuser l’information. Les indices qui sont collectés ne font pas, tous, l’objet d’analyses. Sur observations microscopiques, les échantillons sont écartés ou gardés à fin d’analyse beaucoup plus poussées. ( jusqu’à 8 fois sur la même pilule)

L’Oncfs est totalement souverain dans les choix et dans les délais, ce qui peut constituer des biais dans les résultats, en particulier quand les urgences dominent le fond de l’actualité, dans les campagnes. L’Oncfs contrôle également la transmission des données, à tous les niveaux, généticiens et biostatisticien ne sont jamais en rapport. C’est assez surprenant, dans une entreprise qui se veut collective. Peut-on imaginer une absence de communication entre les différentes services d’une entreprise publiques, sans dysfonctionnements notoires ? Certains ingénieurs du Cnera sont aussi chercheurs et collaborent parfois avec des organismes comme le Cnrs. Ces recherches sont destinées à être publiées, ou encore à augmenter les capacités financières du laboratoire concerné.

Il faut souligner, encore une fois que ces procédures visent à définir un effectif de population fiable, sans aucune intention d’informer, le monde du pastoralisme, aux fins d’anticipations qui seraient pourtant nécessaires à la mise en protection des troupeaux.

Il est indispensable de comprendre les démarches scientifiques engendrées depuis les années 1990 par les chercheurs du Laboratoire d’Ecologie Alpines (Cnrs) qui ont mis au point une méthode d’analyse de l’Adn présent dans les indices collectés sur le terrain, dont les caractéristiques sont de présenter de très faibles quantités d’Adn qui plus est, de faible qualité.

Le protocole adapté à l’analyse d’Adn permet donc de travailler sur des séquences très courtes (Adn), cette méthode étant néanmoins susceptible de générer des erreurs, comme confondre deux individus différents, ne pas visualiser une partie de l’information, ou encore générer deux individus distincts en lieu et place d’un seul individu. Déterminer l’âge et la filiation des individus ciblés (résultats pourtant indispensables à la compréhension du phénomène de dispersion du loup), étant par ailleurs, dans ce contexte, sujet à de grandes difficultés.

Les biais sont-ils possibles ? :

Un autre biais possible existe encore, dans l’interprétation des données. Le loup étant par nature, un canidé qui quitte et retrouve sa meute en passant d’un pays à l’autre ou encore d’un département, voire d’une région à l’autre, sans compter les effectifs (20% à confirmer scientifiquement) en dispersion effective, la biologie du canidé complique de fait l’estimation de populations ciblées localement. Ce qui demande un gros travail de traitement et d’analyse, dont on peut douter qu’il soit réellement engagé. Il est donc possible de perdre ou de gagner des effectifs, sans aucune vision claire de la réalité. Minimiser les résultats, dans l’attente de solutions scientifiques, semblent être le seul moyen de ne pas se tromper.

D’autres part, les dominants déposant plus souvent, crottes et divers marquages biologiques, il est probable qu’ils sont très souvent détectés. Ce qui ne veux pas dire que la meute n’est pas formée (qu’il est seul, donc), et demande de plus, un nouveau travail de traitement de l’information, sujet à autant d’erreurs humaines ou techniques.

Autre problème, sur une population à faible effectif, plus difficile à détecter, comment doit-on prendre en compte la variabilité des « Captures » pour être sûr de ne pas engager des « estimations d’effectifs de population» qui ne soient pas sous-estimées ? Ce qui est très probablement le cas sur les départements qui font l’objet de la dispersion du loup. Même si les populations sont installées en meute. ( définition de la meute : groupement de plusieurs canidés dans le but d’acquérir des capacités de survie supplémentaires)

C’est encore, un autre organisme qui va interpréter les données. Le Cefe (Centre d’écologie fonctionnelle et évolutive), travaille sur un historique d’individus typés loup qui lui est fourni, les biostatisticiens sont donc en mesure de calculer une probabilité dite de « recapture » et ces derniers avancent un coefficient de correction utilisé sur l’ensemble des loups objectivement repérés, pour intégrer ceux qui n’auraient pas été détectés.

Le génotype de chaque échantillon a subi au préalable, chez le généticien, une étude de qualité dont la notation va de 0 à 1, tous les exemplaires sous la barre des 0,6 étant systématiquement écarté. Peut-on parler d’excès de prudence ? Doit-on envisager un biais ?

Si des biais sont engagés tout au long du processus, de la collecte à la statistique finale, il est bien entendu que le chiffre déterminé n’est pas fiable. Une dernière donnée peut encore corréler ce long processus d’évaluation.

Les témoignages visuels font en partie seulement, l’objet d’enregistrements dans une base de données. La qualification des témoignages passent par une description du contexte, la prise en compte des distances, les moyens d’observation (jumelles) , la visibilité de la scène, le nombre de loups, une description du canidé. ( oreille, queue pelage, attitude, hauteur au garrot)

La génétique, un faire-valoir ? :

Les modèles mathématiques décrivent une moyenne assortie d’une notion de fiabilité tel qu’il est probable que l’effectif de population des loups soit compris, dans 95% des cas, entre un minimum et un maximum défini. La moyenne de cet écart étant probablement la bonne mesure de la population de canidé. Reste alors, aux ministres concernés à définir la taille des effectifs qu’il serait possible de prélever pour prendre en compte les positions des éleveurs, sans prendre le moindre risque de faire péricliter les populations. Quand les ministres sont oppressés, le taux de 10% est appliqué en haut de la fourchette (minimum et un maximum défini.), quand ils sont pointus, le taux est appliqué à la partie basse de la fourchette.

En attendant le loup courre toujours, et le manque total d’anticipation, ne permet pas de mettre en protection, les troupeaux. Une gestion en temps réel va donc devenir indispensable, faute de voir s’aggraver les conflits avec les éleveurs et les bergers du pastoralisme moderne, sans compter les publics variés de la chasse qui parfois semblent méconnaître la problématique du retour du loup, dans nos campagnes. Tout comme sa biologie.

3 commentaires

  • Des choses que je ne comprends pas bien dans votre article, serait il possible que vous utilisiez un langage moins »codé » pour qu’un lecteur totalement ignorant des techniques et du vocabulaire spécifique puisse comprendre ? Merci

    • j’ai essayé de vulgarisé au maximum, la génétique n’apporte pas grand chose, du moins en France, ou comme dans bien des domaines, on ne se donne pas les moyens de nos ambitions…si vous avez des question précises, n’hésitez pas!

  • Et pour en finir avec le Cmr, il y a quelques années l’Oncfs s’est senti obligé de faire valider le procédé par des scientifiques suédois, qui ont effectivement validé..lol….Toutefois, ces mêmes scientifiques expliquaient quelques mois plus tôt que sans étude préalable sur le braconnage cryptique, il était impossible d’estimer une population….et pour cause!

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